过去十年,靶向蛋白降解(TPD)从实验室宠儿跃升为千亿级产业,Cereblon(CRBN)作为较常用的 E3 酶之一,其配体亲和力数据直接决定 PROTAC 分子的活性窗口。然而,一个被忽视的技术细节——示踪剂(tracer)的标记方式——正悄悄拉大我们与真实客观数值的距离。
进口R品牌的高通量CRBN Binding Kit 用“沙利度胺-荧光蛋白"作为示踪剂,在行业内先建立了高通量筛选范式,这一方案如今被我们重新拆解、验证、升级。它不是简单的“国产替代",而是对实验失真问题的系统性修复,让IC50更加接近客观真值。
失真源头:当 105 kDa 的 APC 蛋白骑在 0.25 kDa 的沙利度胺头上
XL665作为第一代acceptor,是改良过的别藻蓝蛋白(APC),将 APC的亚基偶联,增加了稳定性,位于红外光区,激发波长 620nm,发射波长665nm,进一步降低了生物溶液对实验的影响(生物学成分很少在红外光区有自发荧光),XL665作为acceptor在CRBN Binding中使用,分子量约为105 kDa,但是与沙利度胺偶联后,对体系有以下影响:
空间位阻:
✦ APC/XL665 的直径≈6nm,相当于沙利度胺长度的 10 倍,在 CRBN 浅口袋入口形成“荧光墙";
✦ 大分子荧光标记会在 CRBN 浅口袋入口处产生空间位阻,导致表观 K_d 被系统性高估 1.5–4 倍。
扩散速率:
✦ 蛋白示踪剂整体分子量高,扩散系数 D 下降 ;
✦ 小分子候选物(< 0.5 kDa)扩散系数远高于kit中标记后的沙利度胺,竞争环境失衡。
结果失真:
✦ 以上这些影响因素导致IC50数值与结果存在偏差,影响候选物的选择
技术破局:把小分子还给小分子
用分子量小于1kDa的小分子荧光团直接标记沙利度胺,从物理层面消除两大失真因子,竞争动力学回到“小分子对小分子"的公平赛道,让每一次 IC50都经得起临床拷问。
数据说话
(1)标准曲线
由图表可知,由于Thalidomide标准品与Thalidomide-Ac竞争与CRBN/DDB1的结合,使信号值降低。
(2)结合活性和抑制剂验证*
Thalidomide-Ac与CRBN/DDB1结合验证,由结果可知,蛋白浓度不变时,检测信号随着Thalidomide-Ac浓度的升高而增加。Lenalidomide和Pomalidomide以及PROTAC BET Degrader-1可以竞争Thalidomide-Ac与CRBN/DDB1的结合。
*数据仅做示例参考
不止于 CRBN,更有 PROTAC的“一站式解决方案"
✦ 基于TR-FRET的三元复合物筛选
标曲 | 货号 | 商品名 |
abs560016 | Human BRD4/CRBN PROTAC Binding Kit | |
abs560042 | Human BCL-XL/CRBN PROTAC Binding Kit | |
abs560044 | Human BCL-XL/VHL PROTAC Binding Kit | |
abs560012 | Human DDB1-CRBN&GSPT1 Binding Kit | |
abs560054 | HumanVAV1/CRBN PROTAC Binding Kit |
✦ PROTAC药靶蛋白
靶点缩写 | 主要针对疾病 | PROTAC | Absin | UA |
AR(雄激素受体) | 前列腺癌 | ARV-110 |
| UA080416 |
BCL6 | 淋巴瘤 |
|
| UA080266 |
Bcl-X(L) | 淋巴瘤 |
| abs06285 |
|
B-rafV600E | 恶性黑色素瘤 |
|
| UA080261 |
BRD4 | 多种癌症 |
|
| UA080277 |
BRD9 | 多种癌症 |
|
|
|
BTK | 慢性淋巴细胞白血病 | NX-2127 |
| UA080041 |
EGFR | 非小细胞肺癌 |
| abs05321 |
|
ER(雌激素受体) | 乳腺癌 | ARV-471 | abs04404 |
|
IRAK4 | 自身免疫性疾病 |
|
| UA080294 |
KRASG12D | 实体瘤 | ASP-3082 |
| UA010733 |
MDM2 | 多种癌症 | MD-224 | abs06561 |
|
NTRK | 实体瘤 |
| abs05487 |
|
STAT3 | 复发或难治性淋巴瘤 | KT-333 |
| UA080435 |
✦ PROTAC分子——阳性对照
货号 | 商品名 | 靶点 |
abs820796 | (S,R,S)-AHPC hydrochloride | E3 ligase VHL |
abs828204 | ACBI1 | SMARCA4:11 nM, SMARCA2:6 nM, PBRM1:32 nM |
abs828800 | AR Antagonist 1 | Androgen Receptor: |
abs825142 | ARD-2128 | VCaP:4 nM (IC50), LNCaP:5 μM (IC50) |
abs821542 | BETd-260 | BRD4PROTAC |
abs828404 | BSJ-4-116 | CDK12:6 nM |
abs819411 | dBET1 | BRD4 |
abs826439 | Dbet57 | BRD4 (BD1):500 nM (DC50) |
abs825346 | dBRD9 | ligand that recruits the cereblon E3 ubiquitin ligase:104 nM |
abs821654 | dTRIM24 | TRIM24. |
abs824454 | LC-2 | KRAS(G12C):0.25-0.76 μM (DC50) |
abs819853 | MD-224 | MDM2 |
abs826178 | MS4078 | EML4-ALK:59 nM(DC50; NPM-ALK:11 nM(DC50);ALK:33 nM |
abs828684 | MT-802 | BTK:1 nM(DC50) |
abs821197 | MZ 1 | BRD4 |
abs821447 | MZP-54 | Brd4BD2 |
abs820470 | PROTAC ERRα Ligand 1 | IC50s of 0.04 and 2.8 μM for ERRα and ERRγ |
abs828072 | PROTAC ERRα Ligand 2 | ERRα:5.67 nM |
abs821731 | TD-106 | CRBN |
abs823151 | THAL-SNS-032 | CDK9 |
abs826853 | UNC6852 | EED:247 nM |
abs818009 | VH-298 | VHL:HIF-α |
abs826121 | YX-2-107 | CDK6:4.4 nM |
abs827426 | ZEN-3219 | BRD4BD1:0.48 μM, BRD4 BD2:0.16 μM |
✦ PROTAC靶点相关抗体
靶点 | 货号 | 品名 |
Ubiquitin | abs155938 | Mouse anti-Ubiquitin Monoclonal Antibody |
AR | abs145396 | Rabbit anti-Androgen Receptor mAb (JRMR-244) |
BCL6 | abs145233 | Rabbit anti-BCL6 Monoclonal Antibody(JRMR-56) |
Bcl-X(L) | abs159218 | Rabbit anti-Bcl-XL Monoclonal Antibody(2D3) |
B-rafV600E | abs173916 | Rabbit anti-BRAF Recombinant mAb (S-1328-60) |
BRD4 | abs133244 | Rabbit anti-Brd4 Polyclonal Antibody |
BRD9 | abs117685 | Rabbit anti-BRD9 Polyclonal Antibody |
More...... |
TPD 的黄金时代已经到来,但黄金也需要准确的刻度。我们相信,真实的数据是创新最大的加速器。当示踪剂的分子量回到小于1kDa,我们不仅修复了一个实验参数,更为整个行业节省了大量时间、资本与试错的生命。
好消息!Absin文献奖励重磅升级!
Absin产品线:
爆款产品:试剂盒(mIHC、IHC、凋亡、ELISA、ChIP、Co-IP、TR-FRET、生化检测、残留检测、多因子检测);细胞培养(类器官试剂盒+基质胶,胎牛血清+培养添加剂+细胞因子)、分化试剂盒;分子(mRNA合成服务+提取试剂盒);化合物大包装;辅助试剂、耗材/仪器、定制服务(抗体/多肽/蛋白/标记/检测)...
特色产品:鸡胚提取物CEE、B27、N2、霍乱毒素B亚单位CTB、牛脑垂体提取物BPE、百日咳毒素PTX、重组人胰岛素Insulin、人源低密度脂蛋白LDL...
电话
微信扫一扫